商洛學院始終堅持“科研強校”戰略，高度重視科研工作，在制度建設、項目建設、成果應用轉化、科研平臺打造、服務地方社會等方面主動作為、著力提升、不懈進取，充分實踐了“自強不息 止于至善”的大學精神。
學校建成陜西省科協院士專家工作站2個（趙鵬大院士工作站、張生勇院士工作站），生物學學科進入陜西省優勢學科，建成全國唯一的省級尾礦資源綜合利用重點實驗室等18個省級研究平臺、22個市級科研平臺、10個校外博士工作站、3個農作物技術示范推廣實驗站，擁有全國冶金礦產固廢資源化匠心團隊1個、陜西省科技創新團隊1個、陜西高校青年科技創新團隊6個，市級科研創新團隊10個，建有“秦嶺植物標本陳列室”“秦嶺礦產資源陳列室”“商洛紅色文化資料館”3個大型科普展室，建成2個省級科普教育基地，3個市級科普基地；與浙江萬里學院、西安工業大學、西安體育學院、曲阜師范大學、西北大學、西安科技大學等6所高校簽訂了聯合培養碩士研究生協議，獲得研究生聯合培養示范工作站1個（與西北大學聯合申報）。
學校始終鼓勵廣大教師科研人員圍繞區域經濟社會發展開展科學研究、科技咨詢、科技服務與成果推廣，在全省高校中率先設立了“服務地方專項科研計劃”；建立了陜西省尾礦資源數據庫和標本陳列室，建成全省首個中草藥標準化生產氣象災害監測預警系統；以“商麥5226”為代表的系列小麥新品種累計推廣540余萬畝，累計增加農戶收入3億多元。
學校圍繞“南水北調”中線工程、商洛市移民區規劃、秦嶺生態及旅游建設等地方重大問題積極開展專題研究，向有關部門提交了以南水北調（中線）商洛水資源補償模型、丹江流域水土流失修復模式為代表的多種科學規劃方案和近百篇高質量研究咨詢報告，為地方政府決策提供了諸多切實可行的理論及實踐依據，受到市委、市政府和有關部門的高度重視，為地方經濟社會文化發展帶來了良好效益。
2006年升本以來，學校共出版學術著作、教材等130余部，被SCI、EI、CSSCI等核心期刊檢索收錄論文300余篇，授權專利195件、軟件著作權160項，審定植物新品種2個；學校共獲批國家自然科學基金項目、國家社科基金項目和國家科技推廣項目、教育部人文社科項目25項，省部級重大、攻關項目60余項，獲市廳級及以上級別各類科技獎勵300余項,科普類作品獲省級獎項15項。
《商洛學院學報》學術影響不斷擴大，兩次被評為全國高校優秀社科學報，進入武漢大學RCCSE核心期刊擴展目錄和國家新聞出版廣電總署首批學術期刊認定目錄。